Diseño de moléculas moduladoras del canal TRPV1 con inteligencia artificial
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Fecha
2024
Autores
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Facultad/escuela
Idioma
es
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Editor
Universidad Andrés Bello
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Licencia CC
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Resumen
El Receptor de Potencial Transitorio Vaniloide 1 (TRPV1) es un canal iónico que forma parte de la familia Receptor de Potencial Transitorio (TRP). Este canal se expresa en neuronas nociceptivas y está relacionado con el procesamiento de estímulos asociados al dolor agudo y crónico en patologías como artritis y migraña. El canal TRPV1 puede modularse por la unión de moléculas como Capsaicina al sitio de unión de vaniloides, encontrado en el dominio de transmembrana de la proteína. La unión genera la activación del canal, promoviendo el paso de cationes y un mecanismo de desensibilización provoca una disminución en la sensación de dolor, propiedad que ha generado interés en moduladores para este sitio. Sin embargo, los métodos tradicionales para el diseño de nuevos fármacos tienden a ser poco eficientes y de alto costo. Hoy en día, métodos de diseño de fármacos basados en inteligencia artificial tal como modelos basados en fragmentos y modelos del lenguaje se han incorporado en el diseño de compuestos y moléculas en un desarrollo más expedito y económico, el cual ha tenido resultados en la formulación de nuevos compuestos bioactivos. Para responder la necesidad del diseño de nuevas moléculas moduladoras de TRPV1 con potencial analgésico se propone un flujo de trabajo que incorpora la obtención y limpieza (o también llamada curación) de una base de datos de compuestos moduladores de TRPV1, la generación de moléculas usando dos herramientas que usan inteligencia artificial (CReM y GT4SD), el filtrado de moléculas candidatas usando algoritmos de Random Forest, el acoplamiento molecular de estas moléculas con TRPV1 y finalmente el análisis de estabilidad de interacciones usando simulaciones de dinámica molecular. Gracias a la integración de las distintas estrategias se postulan nuevas moléculas con potencial terapéutico.
Notas
Tesis (Licenciado en Biología)
Palabras clave
Canales Catiónicos TRPV1, Capsaicina, Dolor, Tratamiento, Dinámica Molecular, Métodos de simulación, Inteligencia Artificial.