Examinando por Autor "Aedo Valdivia, Francisco Antonio Samuel"

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    Evaluación de la partición de los grupos fosfatos en la coordinación del ión metálico en el mecanismo de reacción de la DNAzima 8-17
    (Universidad Andrés Bello, 2021) Aedo Valdivia, Francisco Antonio Samuel; Cepeda Plaza, Marjorie; Facultad de Ciencias Exactas
    En la presente unidad de investigación, se han tratado las temáticas de las DNAzimas, sus características generales y aplicaciones. Las DNAzimas son oligonucleótidos que se caracterizan por ser sintéticos, elaboradas en el laboratorio mediante un proceso llamado selección in vitro. En forma aleatoria y simultánea se descubrieron la DNAzima 8-17 que se ha utilizado para investigar los mecanismos estructurales y catálisis químicas y la DNAzima 10-23, que se ha estudiado para el desarrollo de aplicaciones de silenciamiento genético. Estos son biopolímeros que se caracterizan por ser muy estables, de fácil obtención y de bajo costo, por este motivo son difíciles de degradarse y se necesita de enzimas específicas para hacerlo . En consecuencia, han sido estudiadas y están siendo aplicadas en diversas áreas científicas tanto a nivel de su mecanismo estructural como en el silenciamiento de genes. A grandes rasgos he abarcado estos temas especialmente de la DNAzima 8- 17, muy especialmente en los avances en su mecanismo de reacción. Nuestros objetivos de la investigación bibliográfica es comprobar la hipótesis y llegar teóricamente a evaluar la factibilidad esperando que la aplicación de tecnologías experimentales nos dé la razón. Nuestro enfoque será en el estudio la DNAzima 8-17, específicamente junto al grupo funcional del fosfato y evaluar el mecanismo estructural de catálisis (β) en la coordinación de un ión metálico, evaluando la DNAzima dado que por experimentos anteriores los grupos metálicos (5) son más afines a esta enzima. La DNAzima junto al ión metálico Pb2+ produce una eficiente aceleración en la reacción de velocidad de la catálisis, se ha postulado recientemente que el Na+ podría tener alguna participación. La DNAzima 8-17 escinde al RNA usando como cofactor un ión metálico. La obtención de la estructura cristalina de la DNAzima 8-17 sugiere que la enzima adopta un plegamiento en forma de V, y que el Pb2+ está unido en el bolsillo reorganizando de la DNAzima 8-17 , la estructura captura el estado precatalítico de la reacción ayudada por el ión metálico Pb2+, como también por interacciones terciarias intrínsecas, lo que implicaría que acelera la reacción ayudada por el ión metálico Pb2+ , como también por interacciones terciarias intrínsecas que conforman el sitio activo. Estudios de dinámica molecular han sugerido cuatro estados a lo largo de la vía de reacción para la DNAzima 8-17 exponiendo los posibles roles que desempeñan los iones Na+ y Pb2+ en el sitio activo, el cual está tensado electrostáticamente, y cómo impactan las cuatro estrategias catalíticas fundamentales.