Examinando por Autor "Alvarez, Marco"

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    Estudio proteómico de factores moleculares que coordinan la reprogramación génica estacional del pez Cyprinus carpio
    (Universidad Andrés Bello, 2010) Reyes Castro, Mauricio; Alvarez, Marco; Facultad de Ciencias Biológicas; Doctorado en Biociencias Moleculares
    RESUMEN: El pez Cyprinus carpio es un ectotermo euritermal que habita los ríos de la zona central y sur de Chile. En este escenario, se ve enfrentado a las variaciones físicas del medio ambiente propias de un clima con las estaciones claramente diferenciadas. El fenómeno de plasticidad fenotípica concomitante a las variaciones estacionales se conoce como aclimatización, el cual se ve reflejado a nivel fisiológico, celular y molecular. En la carpa, el cambio más notable se observa en el reordenamiento ultraestructural que sufre el nucléolo, el cual durante la estación veraniega presenta sus componentes integrados (con una alta actividad transcripcional), mientras que en invierno sus componentes se observan segregados (representativo de una baja tasa transcripcional). Nuestra hipótesis de trabajo sostiene que la homeostasis que caracteriza la adaptación estacional de la carpa, implica cambios en el repertorio de proteínas nucleares y en él se representan los factores moleculares centrales para la coordinación de la reprogramación génica estacional de C. carpio. Este estudio, permitió demostrar los cambios que sufre el proteoma nuclear de la carpa concomitante a la adaptación estacional, observándose que aproximadamente un 10% de las proteínas presentes en ambas estaciones son reguladas. Adicionalmente, hemos identificado cinco proteínas, dos no mostraron variación estacional y tres se sobre expresaron durante el invierno. Las identidades de estas proteínas nos sugieren la participación de diversos mecanismos regulatorios de la expresión génica en el proceso de aclimatización. La subunidad Rpb7 es necesaria para el inicio de transcripción y Spt4 participa de la elongación de la transcripción, Pur b se ha descrito como represor de ciertos genes en células musculares, mientras que CENP-A y Actina1 muestran funciones asociadas la estructura de la cromatina. Paralelamente, hemos evidenciado que la histona variante H2A.Z presenta una regulación estacional durante el proceso adaptativo. En particular, esta variante de histona se encuentra enriquecida en los genes ribosomales de la carpa (principalmente en verano), y su relación a través de ensayo de reChIp con marcadores epigenéticos de activación (AcK12H4) y represión (DimetK27H3), nos sugiere su participación en la modulación de la actividad transcripcional de los genes ribosomales durante el fenómeno de aclimatización. Las funciones descritas para estas proteínas, nos sugieren que la regulación de la expresión génica se llevaría a cabo a través de factores XII transcripcionales específicos y de la modulación de la estructura de la cromatina. Esto nos indica la concertación de diversos procesos nucleares, los cuales sustentarían la reprogramación génica cíclica como una de las respuestas compensatorias centrales frente a los cambios medioambientales al que debe hacer frente el pez C. carpio.
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    Genomic organization of nucleolin gene in carp fish: Evidence for several genes
    (Sociedad de Biología de Chile, 2006) Quezada, Claudia; Navarro, Cristina; San Martín, Rody; Alvarez, Marco; Molina, Alfredo; Vera, Ines
    The protein nucleolin, functionally involved in the main steps of ribosome biogenesis, is codified by a single copy gene in mammals. Here we report that at least three different genes codify for this protein in carp fish (Cyprinus carpio). This is the first description of the genomic organization of nucleolin in a teleost. The carp nucleolin gene includes 8.8 kb and contains 16 exons. Promoter cis regulatory elements are similar to constitutive genes, i.e., a putative TATA box, three G/C boxes, and three pyrimidine-rich boxes. As in other species, carp nucleolin gene introns host three snoRNA codifying sequences: U23 from the H/ACA family and two C/D box snoRNAs, U20 and U82. Both U20 and U82 span a complementary sequence with carp 18S rRNA. Additionally, we identified two cDNAs coding for nucleolin, confirming the existence of several nucleolin genes in carp. Amino acidderived sequence from carp cDNAs differ from mammal protein because they span additional acidic domains at the amino end, whose functional significance remains unclear. We performed amino acid sequence comparison and phylogenetic analyses showing that the three isoforms of carp nucleolin, which we describe herein, cluster in two groups. cNUC1 probably diverges from cNUC2 and cNUC3 as result of ancestral fish-specific genome duplication, indeed C. carpio is a tetraploid fish.
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    Identification and expression analysis of two steamer-like retrotransposons in the Chilean blue mussel (Mytilus chilensis)
    (Biological Research, Volume 57, Issue 1December 2024 Article number 17, 2024-12) Arriagada, Gloria; Quezada, Johan; Merino-Veliz, Nicolas; Avilés, Fernando; Tapia-Cammas, Diana; Gomez, Jorge; Curotto, Daniela; Valdes, Juan A.; Oyarzún, Pablo A.; Gallardo-Escárate, Cristian; Metzger, Michael J.; Alvarez, Marco
    Background: Disseminated neoplasia (DN) is a proliferative cell disorder of the circulatory system of bivalve mollusks. The disease is transmitted between individuals and can also be induced by external chemical agents such as bromodeoxyuridine. In Mya arenaria, we have cloned and characterized an LTR-retrotransposon named Steamer. Steamer mRNA levels and gene copy number correlates with DN and can be used as a marker of the disease. So far, the only mollusk where a retrotransposon expression relates to DN is Mya arenaria. On the other hand, it has been reported that the Chilean blue mussel Mytilus chilensis can also suffers DN. Our aim was to identify retrotransposons in Mytilus chilensis and to study their expression levels in the context of disseminated neoplasia. Results: Here we show that 7.1% of individuals collected in August 2018, from two farming areas, presents morphological characteristics described in DN. Using Steamer sequence to interrogate the transcriptome of M. chilensis we found two putative retrotransposons, named Steamer-like elements (MchSLEs). MchSLEs are present in the genome of M. chilensis and MchSLE1 is indeed an LTR-retrotransposon. Neither expression, nor copy number of the reported MchSLEs correlate with DN status but both are expressed at different levels among individual animals. We also report that in cultured M. chilensis haemocytes MchSLEs1 expression can be induced by bromodeoxyuridine. Conclusions: We conclude that SLEs present in Mytilus chilensis are differentially expressed among individuals and do not correlate with disseminated neoplasia. Treatment of haemocytes with a stressor like bromodeoxyuridine induces expression of MchSLE1 suggesting that in Mytilus chilensis environmental stressors can induce activation of LTR-retrotransposon. © The Author(s) 2024.