Examinando por Autor "Doctorado en Biociencias Moleculares"
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Ítem Análisis proteómico de la expresión de enzimas que degradan lignocelulosa en el secretoma de Penicillium purpurogenum crecido en distintas fuentes de carbono(Universidad Andrés Bello, 2010) Navarrete Lagos, Mario Augusto; Eyzaguirre, Jaime; Facultad de Ciencias Biológicas; Doctorado en Biociencias MolecularesRESUMEN: Penicilliumpurpurogenum es un hongo capaz de crecer en fuentes de carbono provenientes de diversas fuentes vegetales, lo que refleja una gran capacidad de adaptación al medio. Por tratarse de sustratos insolubles y de variada composición, para degradarlos en forma eficiente el hongo debe adaptar su secreción de enzimas al medio extracelular (secretoma). En esta tesis se ha comparado el patrón de secreción proteico al crecer el hongo en fuentes de carbono complejas como coseta de remolacha, xilanoacetilado y pectina, como también en fuentes de carbono simples como glucosa y fructosa. Se ha usado un enfoque proteómico en condiciones desnaturantes y en condiciones no desnaturantes lo que nos entrega dos perspectivas diferentes. En condiciones desnaturantes hemos identificado proteínas como pectinasas, β-xilosidasas y manosidasas diferencialmente expresadas en fuentes de carbono complejas, las que no están presentes en las fuentes simples. En el enfoque no desnaturante se detectó en el secretoma de cultivos en las fuentes complejas (pero no en las simples) la presencia de proteínas de alto peso molecular cataliticamente activas. Estas estructuras corresponden a complejos multienzimáticos constituidos por una diversidad de enzimas con las actividades necesarias para degradar lignocelulosa. Penicillium purpurogenum, por lo tanto, posee mecanismos de regulación que involucran la expresión diferencial de enzimas, las que a su vez interactúan entre ellas, lo que es dependiente de la composición química del sustrato.Ítem Estudio proteómico de factores moleculares que coordinan la reprogramación génica estacional del pez Cyprinus carpio(Universidad Andrés Bello, 2010) Reyes Castro, Mauricio; Alvarez, Marco; Facultad de Ciencias Biológicas; Doctorado en Biociencias MolecularesRESUMEN: El pez Cyprinus carpio es un ectotermo euritermal que habita los ríos de la zona central y sur de Chile. En este escenario, se ve enfrentado a las variaciones físicas del medio ambiente propias de un clima con las estaciones claramente diferenciadas. El fenómeno de plasticidad fenotípica concomitante a las variaciones estacionales se conoce como aclimatización, el cual se ve reflejado a nivel fisiológico, celular y molecular. En la carpa, el cambio más notable se observa en el reordenamiento ultraestructural que sufre el nucléolo, el cual durante la estación veraniega presenta sus componentes integrados (con una alta actividad transcripcional), mientras que en invierno sus componentes se observan segregados (representativo de una baja tasa transcripcional). Nuestra hipótesis de trabajo sostiene que la homeostasis que caracteriza la adaptación estacional de la carpa, implica cambios en el repertorio de proteínas nucleares y en él se representan los factores moleculares centrales para la coordinación de la reprogramación génica estacional de C. carpio. Este estudio, permitió demostrar los cambios que sufre el proteoma nuclear de la carpa concomitante a la adaptación estacional, observándose que aproximadamente un 10% de las proteínas presentes en ambas estaciones son reguladas. Adicionalmente, hemos identificado cinco proteínas, dos no mostraron variación estacional y tres se sobre expresaron durante el invierno. Las identidades de estas proteínas nos sugieren la participación de diversos mecanismos regulatorios de la expresión génica en el proceso de aclimatización. La subunidad Rpb7 es necesaria para el inicio de transcripción y Spt4 participa de la elongación de la transcripción, Pur b se ha descrito como represor de ciertos genes en células musculares, mientras que CENP-A y Actina1 muestran funciones asociadas la estructura de la cromatina. Paralelamente, hemos evidenciado que la histona variante H2A.Z presenta una regulación estacional durante el proceso adaptativo. En particular, esta variante de histona se encuentra enriquecida en los genes ribosomales de la carpa (principalmente en verano), y su relación a través de ensayo de reChIp con marcadores epigenéticos de activación (AcK12H4) y represión (DimetK27H3), nos sugiere su participación en la modulación de la actividad transcripcional de los genes ribosomales durante el fenómeno de aclimatización. Las funciones descritas para estas proteínas, nos sugieren que la regulación de la expresión génica se llevaría a cabo a través de factores XII transcripcionales específicos y de la modulación de la estructura de la cromatina. Esto nos indica la concertación de diversos procesos nucleares, los cuales sustentarían la reprogramación génica cíclica como una de las respuestas compensatorias centrales frente a los cambios medioambientales al que debe hacer frente el pez C. carpio.