Examinando por Autor "Facultad de Ciencias Biológicas"
Mostrando 1 - 20 de 200
Resultados por página
Opciones de ordenación
Ítem Adaptación y monitoreo de bacterias hierro-oxidantes a niveles crecientes de cloruro de sodio(Universidad Andrés Bello, 2017) Cárdenas Rivera, Carolina Paz; Alvarez, Juan Carlos; Facultad de Ciencias Biológicas; Escuela de Ingeniería en BiotecnologíaActualmente, en la faena minera Zaldívar se observa una baja disponibilidad de minerales oxidados de cobre, lo que hace necesario iniciar la explotación de minerales sulfurados de cobre. Esta circunstancia obliga a la empresa a emplear nuevos procesos para la extracción de este mineral. Para esto, se conocen distintos mecanismos de lixiviación, como lo es el proceso de biolixiviación, el cual hace uso de microorganismos que son capaces de realizar el proceso de manera directa (en contacto directo con el mineral) o indirecta (donde un producto, como el ion férrico realiza la reacción). Así también se conocen distintos catalizadores para la extracción como es el uso de cloruro de sodio (NaCl), el cual trae diversos beneficios para la extracción. En este estudio se evalúa la posibilidad de obtener un cultivo biolixiviante adaptado a NaCl, que mantenga su actividad oxidativa bajo esta condición. Para esto se realizó un proceso de adaptación a diferentes muestras a concentraciones crecientes de NaCl. Haciendo uso de monitoreos como titulación de ferroso y medición de potencial (Eh), se logró encontrar, por método de eliminación entre los cultivos, al cultivo LIX que mantuvo su capacidad oxidativa a los 20 g/L NaCl. Siendo LIX el cultivo destacado, se analiza la población bacteria donde predomina Acidithiobacillus ferrooxidans.Ítem Aislamiento, caracterización y selección de bacteriófagos para la formación de un cóctel contra bacterias del género salmonella involucradas en el síndrome diarreico de origen infeccioso (SDI) en la industria lechera(Universidad Andrés Bello, 2017) Mourgues Cuello, Luis Ignacio; Lladser, Alvaro; Ferreira Soto, Nicolás; Facultad de Ciencias Biológicas; Escuela de Ingeniería en BiotecnologíaEl síndrome diarreico de origen infeccioso (SDI) es un cuadro clínico de causa multifactorial que se origina por la infección de uno o más patógenos al epitelio intestinal. Este síndrome es una de las mayores causas de morbilidad y mortalidad en terneros de lecherías durante los primeros tres meses de vida, generando serias repercusiones económicas a nivel productivo. Entre los agentes causales del SDI se encuentran bacterias del género Salmonella, de las cuales fueron reportadas una alta cantidad de cepas multirresistentes aisladas de bovinos enfermos con SDI a largo del país durante el año 2008, por lo que surge la necesidad de evaluar nuevas alternativas para el control y el tratamiento del SDI. La fagoterapia consiste en el tratamiento de enfermedades de origen bacteriano mediante el uso de bacteriófagos, los cuales son virus que específicamente infectan bacterias. Las principales ventajas del uso de los bacteriófagos son que, debido a su enorme variabilidad, la aparición de bacterias resistentes es menor, sobre todo al momento de utilizar cócteles de bacteriófagos contra una misma bacteria. Por otro lado, son específicos y prácticamente inocuos, siendo así una alternativa segura y eficiente para el tratamiento de enfermedades de origen bacteriano. En este estudio se realizó el aislamiento y caracterización de bacteriófagos para la formulación de un cóctel con actividad antimicrobiana contra cepas de serovares de Salmonella spp. de interés para la industria lechera nacional. De este modo un total de 43 bacteriófagos fueron aislados, de los cuales seis fueron seleccionados según su actividad lítica y rango de hospedero contra los serovares de Salmonella spp. descritos por Peñaloza durante el año 2008. De estos seis bacteriófagos, tres fueron seleccionados como candidatos para la formulación de un cóctel con actividad antimicrobiana contra estos serovares de acuerdo a sus MOI mínimos y tras su caracterización morfológica. Finalmente, un total de dos cócteles fueron formulados, siendo el primero una mezcla entre los bacteriófagos P8 y M7, y el segundo un cóctel conformado por los mismos en adición del bacteriófago T3. Los resultados obtenidos a nivel cualitativo y cuantitativo concluyeron que el cóctel uno posee una actividad antimicrobiana más efectiva y prolongada que la del cóctel dos, cumpliendo los criterios establecidos para su selección. Así, el cóctel uno fue seleccionado bajo el cumplimiento del objetivo de esta tesis.Ítem Análisis bibliométrico de la producción científica de hantavirus en Chile(Universidad Andrés Bello, 2017) Salinas del Canto, Valentina Andrea; Krauskopf, Erwin; Facultad de Ciencias Biológicas; Escuela de Ingeniería en BiotecnologíaEl Hantavirus es un agente zoonótico de importancia mundial, que provoca en Chile un alto número de casos al año, alcanzando el año 2015 un 43% de desenlace fatal. Además, el hecho de afectar principalmente a los habitantes de zonas rurales y a trabajadores agrícolas y forestales, lo ha convertido en un problema de salud pública. Hasta la fecha, la única forma de controlar la incidencia de esta enfermedad es mediante la prevención de la infección del ser humano, ya que no ha sido posible erradicar el virus. Dado el impacto que genera en nuestro pais, se torna relevante conocer con detalle la producción científica que se desarrolla en Chile en relación a Hantavirus, en comparación a otros países de américa que son afectados por la enfermedad, además de investigar los proyectos relacionados que se están realizando en Chile y quienes son los científicos más destacados en el área, examinando en base a la relevancia y visibilidad que tienen sus artículos. Esta informacion nos permitira generar una serie de recomendaciones a considerar por universidades y organismos como CONICYT.Ítem Análisis de la expresión de CXCR3 y su ligando CXCL10 en cáncer papilar de tiroides(Universidad Andrés Bello, 2010) Bohmwald Prieto, Karen; Riedel S., Claudia; González Díaz, Hernán; Facultad de Ciencias BiológicasEl cáncer de tiroides es la patología más común del sistema endocrino y el cáncer papilar de tiroides (CPT) es la manifestación más frecuente, dentro del cáncer tiroideo, con una incidencia entre el 75 al 80%. Si bien el CPT presenta un crecimiento lento y los pacientes que lo padecen tienen una alta sobrevida, éste presenta una alta frecuencia de metástasis a los nódulos linfáticos cervicales, característica que lo sitúa en un tipo de cáncer agresivo. Los factores moleculares involucrados en los procesos que conllevan a la metástasis del CPT a los nódulos linfáticos, se desconocen. Se ha propuesto que existen moléculas con capacidad quimioatractante, que estarían involucradas en conferir la capacidad proliferativa, migratoria e invasiva de las células tumorales hacia los nódulos linfáticos. Existen evidencias que sugieren a las quimioquinas y sus receptores, como aquellas señales específicas en el proceso de metástasis. Entre estas moléculas se encuentran el receptor CXCR3 y su quimioquina CXCL10. Se ha demostrado que CXCR3 y CXCL10 participarían en metástasis a los nódulos linfáticos en cáncer de colon y de mama. Estudios recientes muestran que tanto CXCR3 y CXCL10 se encuentran presentes en el infiltrado linfocitario en enfermedades inflamatorias de la tiroides. Con estos antecedentes planteo la siguiente hipótesis: "El receptor de quimioquinas CXCR3 y su quimioquina CXCL10, se encuentran sobreexpresados en el CPT. Éste aumento en la expresión se correlacionaría con factores clínicos de agresividad tumoral ". Para evaluar esta hipótesis se analizó, mediante PCR en tiempo real, el contenido de ARNrn de CXCR3 en muestras de CPT y tejido control correspondiente a la zona contralateral al tumor .Mediante inmunohistoquírnica se analizó el contenido y localización de las proteínas CXCR3 y CXCL10 en muestras control y con CPT. Se realizó un estudio de correlación entre los parámetros clínicos de agresividad y el contenido de CXCR3. Finalmente se evaluó, en una línea celular de CPT llamada TPC-1, el rol de CXCR3 y CXCL10 en la proliferación tumoral. Los resultados de esta tesis, apoyan parte de nuestra hipótesis, debido a que indican que el ARNm de CXCR3 aumenta 1 ,5 veces en CPT en comparación al tejido control. Este resultado se correlacionó con el aumento del 20% del contenido de CXCR3 y CXCL10 en muestras con CPT en comparación al tejido control. Los parámetros clínicos de agresividad no mostraron relación con respecto al contenido de CXCR3. CXCL10 no estimuló la proliferación de las células TPC-1 a las 24 hrs. de incubación en forma significativa. Basado en estos hallazgos, podemos concluir que en el CPT hay un aumento en la expresión de CXCR3 y su ligando CXCL10. La expresión aumentada de CXCL10 muestra una tendencia a conferir a las células de CPT una mayor capacidad de proliferación, proceso que es de gran importancia en la progresión tumoral.Ítem Análisis de la expresión de genes implicados en el crecimiento muscular del lenguado chileno (paralichthys adspersus) : efecto de la restricción nutricional y el crecimiento compensatorio(Universidad Andrés Bello, 2010) Poblete Abuter, Erika; Molina Sirguiado, Alfredo Iván; Facultad de Ciencias Biológicas; Doctorado en BiotecnologíaRESUMEN: En Chile el desarrollo de técnicas de cultivo de especies marinas nativas cobra gran relevancia y el lenguado chileno Paralichtys adspersus, destaca como una de las especies más promisorias. No obstante, el cultivo de peces marinos presenta variados problemas relacionados principalmente con las bajas tasas de crecimiento, siendo necesario orientar esfuerzos hacia la mejora de dichas tasas a través del manejo de variables abióticas y el desarrollo de dietas y protocolos de alimentación óptimos. En un estudio destinado a determinar las mejores condiciones de cultivo, el desarrollo muscular debe ser considerado una prioridad. Así en vertebrados, el crecimiento está determinado por la velocidad y duración de los procesos involucrados y está regulado por el “background” genético de cada individuo. Asimismo, el crecimiento está fuertemente influenciado por factores nutricionales y ambientales. Estas señales externas en combinación con el patrimonio genético de cada individuo son integrados en el cerebro donde se generan ordenes químicas (hormonas) que mediarán coordinadamente el crecimiento. Esta señalización endocrina genera cambios en la expresión génica a nivel somático. Así se induce la expresión de genes implicados en proliferación celular y se inhibe la expresión de genes que están implicados en el control negativo del crecimiento. En este contexto, el objetivo de esta tesis consistió en estudiar el efecto de la restricción nutricional y la realimentación, sobre la expresión del mRNA de genes involucrados en la activación y proliferación de células precursoras miogénicas en músculo de lenguado chileno. En consecuencia nuestra hipótesis de trabajo postula que: “La expresión de los transcritos de igf-I, igf-Ir; ghr, mck y miostatina en el lenguado chileno presentan una respuesta diferencial bajo condiciones de restricción nutricional y realimentación”, formando parte de la respuesta endocrina implicada en el crecimiento compensatorio de este pez. Se observó que ejemplares de lenguado chileno después de 30 días de una restricción nutricional y 30 días de realimentación muestran drásticos cambios de talla y peso reflejados en las variaciones observadas en el factor de condición (K). Durante el periodo de hambruna K presentó una importante caída, incrementándose drásticamente durante el período de realimentación, incluso alcanzando valores estadísticamente idénticos a los controles (alimentados durante todo el periodo experimental). Esta observación es un claro indicio de crecimiento compensatorio en este pez...Ítem Análisis de la interacción de los factores de transcripción WRKY 7, WRKY 11 y WRKY17 con Calmodulina y el efecto de esta interacción en la regulación de los genes relacionados a UPR durante la respuesta de defensa en Arabidopsis thaliana(Universidad Andrés Bello, 2016) Galilea Martínez, Isabel Begoña; Blanco Herrera, María Francisca; Facultad de Ciencias Biológicas; Escuela de Ingeniería en BiotecnologíaLa respuesta de defensa en plantas involucra diversos mecanismos que permiten que la enfermedad sea una excepción. Las plantas son capaces de reconocer a los patógenos gatillando cascadas de señalización, las que utilizan segundos mensajeros como el ion calcio. La concentración de calcio libre en el citoplasma, la producción de ROS y la fitohormona ácido salicílico (SA), generan la reprogramación transcripcional de la planta. Entre ellas, el aumento en la síntesis de proteínas de respuesta de defensa de la planta (PRRs y PRs). El aumento en la demanda de síntesis y la acumulación de estas proteínas, genera estrés en el Retículo Endoplasmático, debido a la pérdida del balance entre la capacidad de plegamiento y la demanda de proteínas a ser plegadas. Para sobrellevar esto, la célula, activa la respuesta a proteínas mal plegadas (Unfolded Protein Response) lo que finalmente se traduce en el aumento de proteínas chaperonas que ayudarán a aliviar al RE. Se sabe que la activación continua de UPR genera daño celular irreversible y la posterior muerte celular programada. Es así que resulta esencial, una señalización dinámica y una fina regulación de este proceso. Los factores de transcripción WRKY7, -11 y -17 han sido descritos como reguladores negativos de esta respuesta y cumplen un rol clave en la respuesta de defensa basal. Una característica de estos factores es poseer un sitio de unión a Calmodulina (CaM), una proteína que al interactuar con Ca+2, regula la actividad de sus proteínas blanco. Esto datos nos sugieren que la regulación de los genes relacionados a UPR, mediante los factores WRKY7, -11 y -17; podría estar controlada por la unión del complejo Ca+2/CaM. De acuerdo a esto, en esta tesis se estudió la interacción entre los factores de transcripción WRKY7, -11 y -17 con la proteína de unión a Ca+2, CaM, y su relación con la regulación de UPR durante la respuesta de defensa en Arabidopsis thaliana. Nuestros resultados indican que CaM interactúa con los factores de transcripción WRKY7, -11, -17 de una manera dependiente de Ca2+ y que esta interacción provoca la pérdida de la localización nuclear de los factores, además nuestros datos indican que esta interacción es necesaria para la correcta secreción de PR1 y se ve regulada durante la señalización gatillada por Flg22 y cuáles son los residuos necesarios para esta interacción. De esta manera nuestros resultados proponen que la interacción entre los factores WRKY y CaM, regula negativamente la función de los factores WRKY en el núcleo permitiendo una correcta homeostasis de retículo y el efectivo establecimiento de la respuesta de defensa, de manera sincronizada.Ítem Análisis de la modulación de la respuesta inmune innata y respuesta a estrés por la presencia de los antibióticos florfenicol y oxitetraciclina en el medio en pez cebra(Universidad Andrés Bello, 2013) Barros Becker, Francisco Alberto; Feijóo, Carmen Gloria; Facultad de Ciencias Biológicas; Escuela de Ingeniería en BiotecnologíaEl uso exces1vo de antibióticos en la acuicultura afecta no solo al medio ambiente, sino también a los peces que son tratados con ellos. Existe evidencia de que algunos antibióticos modulan la respuesta inmune, pudiendo de esta forma tener efectos adversos en los peces. La oxitetraciclina y el florfenicol son los antibióticos de mayor uso en la acuicultura en Chile. Por su parte, Chile es a su vez es el segundo productor a nivel mundial de salmónidos, y es el que mayor cantidad de estos compuestos utiliza a nivel mundial en acuicultura. Usando al pez cebra como modelo, se desarrolló un análisis cualitativo y cuantitativo de los efectos que genera la exposición a estos dos antibióticos, por separado y en mezcla, disueltos en el medio. Nuestros resultados mostraron que la exposición a el antibiótico oxitetraciclina genera un intenso proceso inflamatorio, que se manifiesta en una importante migración de neutrófilos desde el tejido caudal hematopoyético a tejidos periféricos, y que progresa a medida que la exposición a la droga continúa. Dicho proceso no habría sido gatillado por la muerte celular detectada en los peces tratados con oxitetraciclina. La inflamación también fue confirmada mediante un análisis molecular por qPCR. Los marcadores de inflamación il-1 f3 y mpx , así como el marcador de estrés oxidativo cyp1 a, se encontraron elevados en aquellas larvas expuesta a oxitetraciclina. Por último, la inflamación provocada por la exposición a dicho antibiótico aumentó la sobrevivencia de larvas en un desafío con bacterias que comúnmente infectan a peces, sugiriendo que la oxitetraciclina podría estar actuando como inmunoestimulante. Además, la inflamación provocada por este antibiótico aumenta la capacidad regenerativa de las células ciliadas de la línea lateral posterior. Por su parte, florfenicol no generó ninguna respuesta inflamatoria. Así mismo, ninguno de los antibióticos fue capaz de generar una respuesta de estrés en las larvas. Estos resultados entregan valiosa información sobre los efectos que ambos antibióticos, disueltos en el agua, pueden generar en los peces. En Chile este tipo de conocimiento es de gran valor debido al importante desarrollo de la industria acuícola y el gran uso de antibióticos que ésta hace.Ítem Análisis de los mecanismos involucrados en la localización asimétrica de ATPRP1 y ATPRP3 en el pelo radicular de Arabidopsis thaliana(Universidad Andrés Bello, 2013) Rodríguez Furlán, Cecilia; Orellana López, Ariel; Facultad de Ciencias BiológicasLas proteínas ricas en prolinas (PRPs) son proteínas estructurales involucradas en el ensamblaje de la pared celular. En Arabidopsis dos miembros de esta familia de genes, ATPRP1 y ATPRP3, se expresan específicamente en células de pelo radicular. Los pelos radiculares elongan mediante crecimiento por el ápice a partir de células epidermales especializadas denominadas tricoblastos. El crecimiento por el ápice involucra la secreción polarizada de los materiales necesarios para formar la membrana y la pared celular en crecimiento. Ha sido previamente descrito que ATPRP3 se acumula de manera asimétrica en la pared celular en la punta del pelo en crecimiento mientras que, ATPRP1 , presenta una distribución uniforme a lo largo de la pared celular del pelo radicular. Este trabajo de tesis se centra en el estudio de los mecanismos y señales involucrados en la distribución asimétrica de ATPRP1 y ATPRP3 en la pared celular del pelo radicular de Arabidopsis. Se analizó el tráfico subcelular de ATPRP1 y ATPRP3 utilizando fusiones de las secuencias codificantes con el reportero GFP. Asimismo , mediante una combinación de estrategias que incluyen análisis farmacológicos y de imágenes confocales se comprobó que ambas proteínas trafican hacia el ápice del pelo en crecimiento. Sin embargo, podrían utilizar diferentes rutas de secreción. Nuestros resultados también indican que una vez que estas proteínas alcanzan la pared celular solo ATPRP3 es endocitada y destinada a la vacuola. Utilizando estrategias de expresión heteróloga en células epiteliales de mamíferos MDeK se estudiaron las señales involucradas en la distribución polarizada de ATPRP3 y ATPRP1 . En estas células ATPRP3 es reconocida y destinada de manera polariza al medio apical. Mientras que, ATPRP1 es destinada de manera no polarizada tanto al medio apical como al basolateral. Además, se comprobó que el segmento e-terminal de ATPRP3 posee los determinantes para su destinación polarizada. Asimismo, ensayos realizados en células de pelo radicular de Arabidopsis permitieron comprobar que el segmento e-terminal de ATPRP3 también está involucrado en la localización asimétrica de esta proteína en la pared celular y que la deslocalización de esta proteína altera el crecimiento del pelo radicular. En conjunto , los resultados obtenidos en esta tesis permitieron concluir que el mantenimiento de la acumulación de ATPRP3 en la punta del pelo radicular obedece tanto a mecanismos exocíticos como endocíticos. Además, que esta localización asimétrica de ATPRP3 depende de la presencia de señales especificas y está asociada a su función en la pared celular.Ítem Análisis de publicaciones científicas entre los años 2000 - 2009 y patentes de invención nacionales en biotecnología durante en periodo 2000 a Octubre de 2010(2011) Brant Brito, Colette Marie; Vera, Juan Carlos; Facultad de Ciencias Biológicas; Escuela de Ingeniería en Biotecnología."Los recursos naturales y sus derivados representan tres cuartas partes de las exportaciones chilenas y son el principal motor de crecimiento de la economía del país" (CORFO, 2007). En este contexto, según el informe de la Comisión Nacional para el Desarrollo de la Biotecnología publicado el año 2003 "la biotecnología es una poderosa herramienta que hará aumentos sustantivos de productividad, calidad y sustentabilidad ambiental en los sectores productivos basados en recursos naturales: principalmente en los sectores minero, frutícola, agrícola, silvícola y acuícola". El objetivo de este estudio es entregar un panorama del estado del arte de la investigación nacional en biotecnología reflejada en publicaciones científicas y el desarrollo de innovación tecnológica en materia de patentes, con la finalidad de ofrecer una perspectiva de las principales áreas de investigación e innovación, especialmente en aquellos ámbitos que involucran los principales sectores productivos basados en recursos naturales. Para llevar a cabo este objetivo se utilizó la información de publicaciones científicas disponible en la base de datos internacional Science Citation lndex Expanded del Web of Science, y de patentes de invención disponibles en el Instituto Nacional de Propiedad Industrial y la Oficina Europea de Patentes. Los resultados que se esperan obtener en este estudio son que existe un aumento de las publicaciones científicas en biotecnología durante el periodo 2000 - 2009 dado que se reconoce como herramienta fundamental de desarrollo productivo y social, y que la principal tendencia en investigación biotecnológica y de innovación (medida en patentes de invención) involucra temáticas relacionadas con los principales sectores productivos basados en recursos naturales. El principal aporte de este estudio es entregar, por primera vez, un estado del arte de la investigación biotecnológica nacional a través de un análisis de la estructura temática de publicaciones y patentes de invención, lo cual permite entregar antecedentes sobre los enfoques tanto de investigación como de innovación en aquellos ámbitos que abarcan los principales sectores productivos basados en recursos naturales.Ítem Análisis del procesamiento del arn mensajero de AtbZIP60 bajo distintos tratamientos que activan la respuesta a la acumulación de proteínas mal plegadas en Arabidopsis thaliana usando electroforesis capilar(Universidad Andrés Bello, 2015) Parra Rojas, Juan Pablo; Orellana López, Ariel; Blanco, Francisca; Facultad de Ciencias Biológicas; Escuela de Ingeniería en BiotecnologíaLa respuesta a proteínas mal plegada (UPR) es una vía de señalización asociada al retículo endoplásmico (ER). Normalmente, las proteínas sintetizadas en el ER que no logran adquirir su conformación nativa se degradan por un mecanismo denominado degradación asociada a retículo (ERAD). Sin embargo, si este mecanismo falla en degradar proteínas no plegadas / mal plegadas, éstas son retenidas en el ER activando la UPR. Durante este proceso un conjunto de genes que pueden ayudar al plegamiento correcto de las proteínas son regulados positivamente a nivel transcripcional y traduccional. Estudios recientes sobre Arabidopsis thaliana y arroz identificaron una vía de señalización en las cual una proteína transmembrana de ER llamada IRE1 cataliza el empalme citoplasmático y no convencional de un ARN mensajero conduciendo a la síntesis de un factor de transcripción activo capaz de activar los genes de respuesta a UPR. Este factor de transcripción se conoce como bZIP60 en Arabidopsis y bZIP50 en arroz. Informes recientes han mostrado que dos agentes químicos clásicos utilizados para inducir la UPR (tunicamicina y DTT) activan el procesamiento de bZIP60. Sin embargo, la dinámica y la temporalidad del empalme no convencional son desconocidas. Adicionalmente, condiciones fisiológicas en la planta como la acumulación de la fitohormona, ácido salicílico (SA) y estrés por calor; también pueden inducir el procesamiento de bZIP60. En dichas condiciones, bZIP60 procesado, es apenas detectable al utilizar electroforesis en geles de agarosa como instrumento analítico. En esta tesis se propone que el empalme no convencional de bZIP60 podría ser analizado mediante electroforesis capilar, debido a su capacidad de alta resolución y posible cuantificación. Como una prueba de concepto, se analizó la dinámica y temporalidad del procesamiento del gen bZIP60 en las plantas tratadas con tunicamicina, DTT, SA y calor. Los resultados indican que el procesamiento de AtbZIP60 es un proceso dinámico y su ocurrencia y la magnitud es estímulo-dependiente. Además, el procesamiento AtbZIP60 en diferentes tejidos de plantas con o sin estrés, sugiere que la activación del UPR es un proceso tejido específico. Por otra parte, el análisis en plantas mutantes que carecen de otros componentes de la señalización de la UPR, indican que la rama IRE1 / AtbZIP60 no compensa la ausencia de otros componentes tales como bZIP28 bajo condiciones de estrés de ER. En su conjunto los resultados sugieren que el procesamiento de AtbZIP60 es un proceso altamente regulado y que eso no depende únicamente de los estímulos, sino más bien de cómo cada tejido percibe dichos estímulos.Ítem Análisis genómico-comparativo de bacterias bioloxiviantes del género acidithiobacillus: de la secuencia genómica al rol ecofisiológico.(Universidad Andrés Bello, 2011) Valdes Anabalón, Jorge H.; Holes, David S.; Facultad de Ciencias Biológicas; Doctorado en BiotecnologíaRESUMEN: Los genomas de Acidithiobacillus thiooxidans ATCC 19377 y A. caldus ATCC 51756 han sido secuenciados y anotados. Un análisis bioinformático de estos dos nuevos genomas en conjunto a los de A. ferrooxidans ATCC 23270 y ATCC 53993, permitieron la predicción de modelos metabólicos y de regulación para cada especie lo que provee una oportunidad única de llevar a cabo estudios genómico-comparativos de este grupo de bacterias involucradas en el proceso de biolixiviación. En este trabajo, se presentan datos derivados del estudio comparativo de modelos metabólicos referentes a vías de transporte de electrones y varias otras características de los tres miembros del género Acidithiobacillus: fijación de CO2, ciclo TCA, oxidación de azufre, reducción de azufre, oxidación de hierro, asimilación de hierro, oxidación de hidrógeno, formación de flagelo, quimiotaxis y fijación de nitrógeno. Las interacciones predichas a nivel metabólico y transcripcional apuntan a potenciales respuestas coordinadas frente a cambios ambientales tales como el tipo y abundancia de fuentes de energía, oxígeno y limitación de nutrientes. Las vías predichas para la fijación y asimilación de nitrógeno en A. ferrooxidans serán descritas como ejemplos de este tipo de respuestas integradas. Un número importante de los sistemas analizados parecen ser una característica de organismos autotróficos y podrían tener implicaciones directas en procesos de relevancia crítica para la comprensión de como estos microorganismos sobreviven y proliferan en ambientes extremos, incluyendo las operaciones de biolixiviación. Por otro lado, un análisis filogenómico permitió identificar aquellos módulos funcionales específicos de cada especie, dando así, una visión del potencial ecofisiológico de cada especie y de como éstas podrían contribuir en procesos clave para el desarrollo de la dinámica de biolixiviación.Ítem Análisis global comparativo en proteomas microbianos extremofílicos(Universidad Andrés Bello, 2013) Duarte Olave, Francisco; Holmes, David; Facultad de Ciencias BiológicasUno de los ejes principales en esta tesis consintió en la comparación de propiedades de las proteínas de microorganismos acidófilos con homólogos de neutrófilos. De cualquier manera, comparaciones adicionales fueron hechas contra alcalófilos. A la fecha, el número de proteínas pertenecientes a microorganismos alcalófilos no es suficiente como para obtener un borrador de conclusiones que puedan ser soportadas estadísticamente. Por otra parte, el enfoque de esta tesis se centró en acidófilos.Ítem Análisis proteómico de la expresión de enzimas que degradan lignocelulosa en el secretoma de Penicillium purpurogenum crecido en distintas fuentes de carbono(Universidad Andrés Bello, 2010) Navarrete Lagos, Mario Augusto; Eyzaguirre, Jaime; Facultad de Ciencias Biológicas; Doctorado en Biociencias MolecularesRESUMEN: Penicilliumpurpurogenum es un hongo capaz de crecer en fuentes de carbono provenientes de diversas fuentes vegetales, lo que refleja una gran capacidad de adaptación al medio. Por tratarse de sustratos insolubles y de variada composición, para degradarlos en forma eficiente el hongo debe adaptar su secreción de enzimas al medio extracelular (secretoma). En esta tesis se ha comparado el patrón de secreción proteico al crecer el hongo en fuentes de carbono complejas como coseta de remolacha, xilanoacetilado y pectina, como también en fuentes de carbono simples como glucosa y fructosa. Se ha usado un enfoque proteómico en condiciones desnaturantes y en condiciones no desnaturantes lo que nos entrega dos perspectivas diferentes. En condiciones desnaturantes hemos identificado proteínas como pectinasas, β-xilosidasas y manosidasas diferencialmente expresadas en fuentes de carbono complejas, las que no están presentes en las fuentes simples. En el enfoque no desnaturante se detectó en el secretoma de cultivos en las fuentes complejas (pero no en las simples) la presencia de proteínas de alto peso molecular cataliticamente activas. Estas estructuras corresponden a complejos multienzimáticos constituidos por una diversidad de enzimas con las actividades necesarias para degradar lignocelulosa. Penicillium purpurogenum, por lo tanto, posee mecanismos de regulación que involucran la expresión diferencial de enzimas, las que a su vez interactúan entre ellas, lo que es dependiente de la composición química del sustrato.Ítem Análisis transcriptómico de hígado de Cyprinus carpio en el proceso de aclimatización estacional(Universidad Andrés Bello, 2017) Ramos Tapia, Ignacio Antonio; Alvarez Santana, Marco; Facultad de Ciencias Biológicas; Escuela de Ingeniería en BiotecnologíaLas respuestas de los organismos a las fluctuaciones ambientales son complejas e involucran múltiples factores, lo cual ha complejizado comprender en su totalidad este fenómeno. Es sabido que esta respuesta no es al azar y que se sustenta en una delicada reprogramación a nivel transcripcional, modelando así una respuesta individual adecuada para cada individuo. Por esta razón, y para visualizar de manera global los cambios transcripcionales concomitantes al proceso de aclimatización estacional del pez Cyprinus carpio (carpa común), en este trabajo hemos evaluado la reprogramación génica de la carpa a los cambios ambientales mediante análisis de RNA-Seq. En este trabajo, hemos obtenido información transcriptómica de hígado de carpas aclimatizadas usando secuenciación masiva Illumina MiSeq. Se han obtenido 38.012.838 y 34.620.343 lecturas de verano e invierno, respectivamente. Luego del control de calidad las lecturas fueron ensambladas de novo usando el software Trinity, obteniendo un transcriptoma de 239.155 contigs con un N50=1516 pb. Luego de usar la herramienta Blastx con la base de datos de Danio rerio (Uniport) se obtuvieron 79.629 genes los cuales fueron anotados funcionalmente mediante el consorcio de GO (Gene Ontology) según Proceso Biológico (BP), Función Molecular (MF) y Componente Celular (CC). Además, hemos comprobado el análisis bioinformático mediante el uso de RT-qPCR a genes relevantes expresados diferencialmente como APOA1, Prostaglandina D2, RPL4, Vitelogenina y WAP65 obteniendo correlación entre los resultados de RNA-Seq y expresión relativa por PCR cuantitativo. A partir de la base de datos generada, se revelaron diferentes mecanismos moleculares involucrados en el proceso de aclimatización de la carpa común. Nuestros análisis demostraron que vías metabólicas tales como glucólisis/gluconeogénesis, metabolismo de lípidos, sistema inmune, hipoxia, entre otras, fueron diferencialmente reguladas durante el proceso de aclimatización estacional, poniendo en evidencia la complejidad de los mecanismos de respuesta del organismo de la carpa para enfrentar los cambios medioambientales a los que se encuentra expuesto durante un ciclo estacional.Ítem Análisis transcriptómico dual, de la interacción entre la mutante Δbcfet1 de Botrytis cinerea durante el proceso infectivo de Arabidopsis thaliana, en condiciones contrastantes de hierro(Universidad Andrés Bello, 2022) Hinostroza Carmona, Consuelo Paz; Canessa Aguila, Paulo; Facultad de Ciencias Biológicas; Escuela de Ingeniería en BiotecnologíaBotrytis cinerea es un reconocido hongo fitopatógeno caracterizado por provocar grandes pérdidas en la agricultura a nivel mundial y por tener un gran número de hospederos. Es un patógeno capaz de colonizar distintos órganos vegetales, produciendo necrosis del tejido con el objetivo de obtener nutrientes a partir de células muertas. En este contexto, los nutrientes disponibles en el encuentro entre B. cinerea y su hospedero modulan el comportamiento de ambos organismos durante la interacción. El hierro, un mineral fundamental para procesos metabólicos y celulares, además de jugar un papel fundamental en la virulencia de los patógenos, tiene también un rol importante en las respuestas de la planta frente a una infección. Investigaciones recientes han demostrado que B. cinerea requiere de un sistema de captación de hierro de alta afinidad denominado RIA (del inglés, Reductive Iron Assimilation), el cual juega un papel en el proceso infectivo. Este sistema se compone de una ferroxidasa de membrana (BcFET1) y una permeasa de hierro BcFTR1. Mediante la generación de una mutante de deleción para la ferroxidasa (Δbcfet1), se evidenció un fenotipo hipervirulento dependiente de la disponibilidad de hierro en la planta, un resultado inesperado debido principalmente a que antecedentes demostraban que la interrupción en componentes de RIA disminuye la virulencia en otros patógenos. Para poder entender más a fondo el comportamiento de la mutante anteriormente mencionada es que, en este trabajo, se realizó un análisis transcripcional mediante RNA-seq dual para evaluar el comportamiento transcripcional de la mutante durante la infección de A. thaliana en condiciones contrastantes de disponibilidad de hierro. Los resultados evidencian que, a pesar de la deleción del gen bcfet1, en ausencia de hierro, la mutante induce genes relacionados al mantenimiento (bcfem1) y absorción transmembrana de este metal (bcftr1), ambos regulados por un mismo factor de transcripción. Al mismo tiempo, A. thaliana presenta un perfil de expresión diferencial asociado a una respuesta de defensa hipersensible, lo que podría estar explicando el mayor daño que se provoca en el tejido vegetal al ser infectado por la mutante de B. cinerea. Si bien este estudio dilucida el comportamiento transcriptómico que ocurre en la interacción entre la mutante Δbcfet1 y A. thaliana, los mecanismos regulatorios y cómo estos se ven afectados por la disponibilidad de hierro, aún no están totalmente claros, por lo cual es de gran interés seguir identificando y caracterizando la regulación de los mecanismos de captación de hierro y cómo estos se relacionan a la virulencia de los patógenosÍtem Análisis y comparación de la producción de enzimas xilanolíticas de penicillium purpurogenum crecido en distintas fuentes de carbono bajo condiciones de fermentación en estado sólido y sumergido(Universidad Andrés Bello, 2010) Herrera Peña, Jonathan Víctor; Eyzaguirre, Jaime; Facultad de Ciencias Biológicas; Escuela de BioquímicaDiversos estudios sobre proteómica y secretómica de hongos revelan que existen diferencias a nivel de actividad enzimática y variabilidad de isoenzimas producidas cuando el hongo es crecido en distintas fuentes de carbono. Además, se han reportado este tipo de diferencias cuando el hongo es cultivado sobre una misma fuente de carbono pero variando el método de cultivo, ya sea en estado sólido o sumergido. En este trabajo, utilizando el hongo lignocelulolítico Penicillium purpurogenum, se establecieron claras diferencias en la secreción de varias enzimas al cultivarlo en un medio sólido o líquido, utilizando diversas fuentes de carbono. Entre los resultados obtenidos se encontró que la actividad específica de -xilosidasa es superior en el cultivo sólido de paja de trigo que la observada en el cultivo líquido, por otra parte en el cultivo usando coseta de remolacha, el cultivo líquido muestra una actividad específica superior al cultivo sólido, esta observación se repite al analizar la actividad específica de -glucosidasa, -galactosidasa y arabinopiranosidasa. Sin embargo al analizar la actividad acetil esterásica se observa que los cultivos líquidos presentan una mayor actividad específica que los cultivos sólidos utilizando varias fuentes de carbono. En un plano genera], se encontró que las fuentes de carbono naturales como la paja de trigo y la coseta de remolacha actúan como fuertes inductores de actividad lignocelulolítica. Por otra parte, se encontró que el hongo secreta 3 posibles isoenzimas de arabinofuranosidasas en el cultivo sólido de salvado de trigo y solamente 2 posibles isoenzimas en el cultivo líquido, 1 isoenzima en el cultivo sólido usando coseta de remolacha y 3 posibles isoenzimas en el cultivo líquido. Además fue posible reafirmar la presencia de complejos multienzimáticos previamente descritos en nuestro laboratorio mediante técnicas de zimogramas. Al analizar el patrón de expresión de proteínas mediante geles unilbidimensionales se encontró que el patrón es diferente cuando se utilizan las condiciones de cultivo sólido y líquido utilizando las fuentes de carbono paja de arroz y salvado de trigo, Aunque al utilizar coseta de remolacha existe un patrón similar en condiciones de cultivo sólido y líquido. Mediante espectrometría de masas fue posible identificar numerosas proteínas en los sobrenadantes de cultivo de paja de arroz, de trigo y coseta de remolacha, destacando la presencia de numerosas proteasas en el sobrenadante de cultivo liquido de salvado de trigo. Éstas y otras diferencias encontradas indican que el hongo Penicillium purpurogenum secreta diferencialmente enzimas al medio de cultivo de acuerdo a la fuente de carbono y metodología de cultivo empleada y que la presencia o ausencia de agua libre en el medio extracelular es un factor determinante en la regulación de la expresión de enzimas xilanolíticas.Ítem Aplicación de bacterias resistentes a metal(oid)es para la remoción de estos contaminantes desde matrices acuosas(Universidad Andrés Bello, 2018) Valenzuela Mejías, Santiago Tomás; Facultad de Ciencias Biológicas; Escuela de Ingeniería en BiotecnologíaEl aumento en la contaminación del aire, suelos, aguas subterráneas y de regadío se ha convertido en un problema dado el impacto negativo que provoca en el ecosistema y que en el corto plazo podría afectar directamente la población humana. La mayoría de los contaminantes presentes en los ecosistemas acuáticos son compuestos orgánicos y/o metales pesados, una consecuencia de la actividad antropogénica no regulada. En esta línea, se ha desarrollado una amplia gama de alternativas tecnológicas entre las que destaca la biorremediación por sus características traducibles en bajos costos de operación y mantención respecto a métodos físicos y/o químicos. Acorde con el creciente uso de microorganismos para remediar aguas contaminadas, el objetivo de esta Tesis fue analizar la remoción de metal(oides), específicamente telurito, arsenito, cadmio y cobre, por bacterias ambientales resistentes a estos compuestos en condiciones aeróbicas y anóxicas. La remoción se llevó a cabo utilizando medio mínimo SV.3, formulado específicamente para mantener la solubilidad de los metales a pH neutro. Los cultivos se llevaron a cabo en presencia o ausencia de oxígeno en ensayos de 24 h donde se cuantificó la concentración del tóxico al inicio y final del proceso. En ambas condiciones de crecimiento, las bacterias removieron telurito > arsenito > cobre. No fue posible cuantificar la remoción de cadmio. Dado que promueve un mayor crecimiento bacteriano, la condición anaeróbica resultó más eficiente en la remoción de los tóxicos ensayados. Finalmente, este proceso de biorremediación permite recuperar el escaso metaloide teluro, de alto valor tecnológico. Además, se podría descontaminar arsenito, altamente tóxico y abundante en una variedad de ambientes que se encuentran en contacto con las poblaciones humanas.Ítem Autofagia en el diagnóstico y tratamiento de cáncer de ovario(Universidad Andrés Bello, 2013) Erices Vidal, Rafaela; Owen, Gareth; Facultad de Ciencias BiológicasEl cáncer de ovario mata alrededor de 140.000 mujeres al año en el mundo, diagnosticándose más de 12 mil nuevos casos anuales en Sudamérica , con una mortalidad de aproximadamente 7000 casos . Este panorama desfavorable se debe principalmente a su detección tard ía y a la falta de tratamiento . Recientemente, el uso de metformina , medicamento utilizado para la diabetes mellitus tipo 2, ha mostrado ser beneficioso para pacientes con cáncer de ovario , aumentando su sobrevida libre de progresión . Estas observaciones sorprendentes dieron paso a estudios in vitro e in vivo para estudiar sus mecanismos de acción los cuales han mostrado su efecto potenciador de quimioterapia. Sin embargo, estos resultados se han originado del uso de concentraciones varias veces superiores a la dosis terapéutica de metformina. Este trabajo de tesis buscó explicar los beneficios mostrados por el uso de metformina, utilizando una concentración dentro de su rango terapéutico , estudiando además, la autofagia como un posible mecanismo de acción, mediante el cual aumentaría la respuesta a la quimioterapia. También se investigaron proteínas que regulan la autofagia para evaluar su potencial uso como biomarcadores de cáncer de ovario . Esta investigación se realizó utilizando líneas celulares de cáncer de ovario y cultivos primarios de muestras (ascitis) de pacientes con cáncer de ovario. Para evaluar las proteínas que regulan la autofagia , se utilizaron líneas celulares y muestras de cáncer con diferentes malignidades. Esto fue posible gracias a la colaboración de una red de hospitales en Chile y en Perú , la cual nos facilita las muestras. Este estudio mostró por primera vez que el uso de una concentración terapéutica de metformina entregado previo a carboplatino y en combinación con carboplatino (quimioterapia), actúan sinérgicamente disminuyendo la viabilidad celular. lnteresantemente, el 36% (9/25) de las ascitis de pacientes analizadas respondieron a esta combinación . Adicionalmente, se mostró que la autofagia forma parte del mecanismo de acción de metformina en células de cáncer de ovario, donde aparentemente una regulación positiva y sostenida de este proceso sería un factor importante para inducir muerte celular. Además se encontró que existe una expresión diferencial a nivel de ARNm de prote ínas que regulan la autofagia que podrían servir para el diagnóstico del cáncer de ovario avanzado. Más aún, se encontró que bajos niveles de ARNm de PEA-15 y Beclin1 se asociarían con una peor sobrevida libre de progresión de la enfermedad. Este trabajo deja de manifiesto nuevamente que comprender las implicancias clínicas de los factores moleculares involucrados en la desregulación de procesos, como en este caso la autofagia en el cáncer de ovario , podría entregar nuevas estrategias para el diagnóstico y terapia de esta malignidad que permitirían en un futuro entregar una medicina personalizada.Ítem Biomarcadores genómicos asociados a cáncer pulmonar, en células epiteliales de esputo inducido(Universidad Andrés Bello, 2016) Salas Araya, Tania Valentina; Adonis, Marta; Urzúa, Ulises; Facultad de Ciencias Biológicas; Escuela de Ingeniería en BiotecnologíaEl cáncer de pulmón (CAP) es la primera causa de muerte por cáncer a nivel mundial y en Chile, es la segunda causa de muerte por cáncer. Estas cifras se relacionan con un diagnóstico tardío, por carencia de un método de diagnóstico en etapas tempranas. Más del 75% de los pacientes diagnosticados con CAP se encuentran en los estadios III ó IV, etapas que tienen menos de un 15% de sobrevida a los 5 años. Para el diagnóstico en estadios tempranos, la sobrevida alcanza el 70% a los 5 años. Por lo tanto, el desarrollo de tecnologías no invasivas asociadas a un diagnóstico temprano, podrían contribuir con un aumento en la sobrevida de los pacientes con CAP; por diagnóstico en etapas tempranas de la enfermedad. En este punto, marcadores genómicos en muestras de esputo podrían resultar en herramientas complementarias efectivas para el diagnóstico de CAP. Hipótesis: Las células epiteliales pulmonares, presentes en el esputo de pacientes con cáncer pulmonar, presentan alteraciones del número de copias (ANC) asociadas a la patología y al tipo histológico. Objetivos: Determinar Alteraciones en el Número de Copias (ANC) en el ADN genómico de células epiteliales de esputo de pacientes con Cáncer Pulmonar del tipo escamoso y adenocarcinoma. Métodos: Se obtienen muestras de esputo y de sangre de 8 pacientes con cáncer pulmonar y de 8 individuos sanos. Las muestras de esputo fueron procesadas para separar las células contenidas en el esputo de acuerdo a su tamaño a modo de enriquecimiento de células epiteliales. Tanto el ADN de las células epiteliales del esputo como el de sangre periférica, se sometieron a experimentos de array-CGH. Resultados: El análisis realizado de las ANC, dio como resultado un listado de genes con alteraciones asociadas a CAP, así como también un listado de genes alterados exclusivamente para los tipos histológicos Adenocarcinoma y Carcinoma Escamoso. Conclusión y proyecciones: Las muestras de esputo contienen células cancerígenas adecuadas para el análisis genético. Los genes identificados se podrían utilizar para posteriores análisis de biomarcadores. Los resultados serán un aporte en la generación de un método de diagnóstico complementario no invasivo que contribuya a la detección temprana de CAP, y con ello mejorar a la sobrevida de los pacientes.Ítem Biosíntesis de ácido tartárico durante el desarrollo de uva de mesa (Vitis vinifera): Cv Thompson Seedless y Red Globe(Universidad Andrés Bello, 2012) Araneda Rodríguez, Cinthya Ester; González Agüero, Mauricio; Defilippi Bruzzone, Bruno; Facultad de Ciencias Biológicas; Escuela de Ingeniería en BiotecnologíaLa uva de mesa (Vitis vinifera) es el principal producto frutícola de exportación de nuestro país. El carácter organoléptico de la uva está directamente influenciado por las condiciones climatológicas, así como por el fondo genético propio de cada variedad, el cual se asocia especialmente a la relación de sólidos solubles/acidez. Entre los ácidos orgánicos de impo11ancia, encontramos el ácido tartárico, el cual sería un contribuyente relevante en el sabor y por consecuencia, variaciones en su concentración podría afectar la palatabilidad percibida por el consumidor. En este trabajo, se planteó la hipótesis que la síntesis de ácido tartárico estaría regulada diferencialmente por el gen que codifica para la enzima L-Idonato Deshidrogenasa en etapas tempranas de desarrollo para distintas variedades de vid . Con este propósito, se cuantificaron los ácidos orgánicos sintetizados y se analizó la expresión del gen de L-Idonato Deshidrogenasa (VvLJdnDH) durante el desarrollo de dos variedades comerciales de uva de mesa bajo distintas condiciones geográficas y tratamientos de etileno. Entre los huertos comerciales (Los Andes y Quinta de Tilcoco) y semi-comercial (Santiago) ubicados en las distintas regiones de estudio, se observaron diferencias tanto en el contenido de los ácidos como en la expresión de L-ldnDH. Se observó un aumento en el contenido de ácidos orgánicos, tanto tm1árico como málico, desde los primeros estadías hasta la etapa de pinta, para luego descender hasta un nivel basal. Estos resultados podrían estar indicando un posible efecto de la temperatura sobre algunos rasgos fisiológicos, como fue el tamaño de baya y así afectar la síntesis de ácido tartárico. Complementariamente, se determinó la posible participación de la hormona etileno durante el proceso de maduración de la uva de mesa. Se observó una menor acidez, como un menor contenido de ácidos orgánicos, en aquellas uvas tratadas con etileno exógeno comparado a aquellas tratadas con un inhibidor de su percepción (1-MCP) y plantas sin aplicación. A nivel génico, no se observaron diferencias significativas entre tratamientos durante todos los estadías de estudio. En conclusión, se podría establecer que factores medioambientales y rasgos propios de la uva de mesa, incluyendo la influencia de etileno en el proceso de maduración, estarían modificando la síntesis y el contenido de ácido tartárico.