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Ítem Análisis de la expresión global de genes asociados a crecimiento muscular en congrio colorado (Genypterus chilensis) bajo respuesta a estrés por manejo(Universidad Andrés Bello, 2014) Aedo Abadie, Jorge Eduardo.; Valdés, Juan Antonio.; Gallardo Escárate, Cristian.; Facultad de Ciencias Biológicas.; Escuela de Bioquímica.La diversificación de la acuicultura en Chile considera la incorporación de nuevos cultivos de peces que permitan posicionar a esta industria como uno de los sectores más importantes de la economía nacional. Dentro de los candidatos propuestos se encuentra el congrio colorado (Genypterus chilensis). Esta especie presenta un alto valor comercial en el mercado producto de la excepcional calidad de su carne blanca. Sin embargo, a pesar de las grandes cualidades que presenta, su proyección comercial se ha visto limitada producto de sus bajas tasas de crecimiento en cautiverio. Considerando que el tejido muscular representa alrededor de un 60% de la masa corporal de un pez, nuestro grupo se ha enfocado en estudiar y entender los mecanismos implicados en el crecimiento y desarrollo muscular en peces, así como también el estudio de variables intrínsecas o extrínsecas asociadas a estos procesos. Dentro de estas variables de encuentra el estrés causado por disturbios físicos relacionados a los métodos de cultivo tales como el manejo (handling stress). El estrés se puede definir como una condición en la cual el equilibrio dinámico de un organismo es perturbado como resultado de la acción de estímulos comúnmente definidos como estresores. A pesar de la extensa bibliografía sobre los efectos de agentes estresantes en el sistema neuro-inmune-endocrino de peces, muchos de los mecanismos moleculares por los cuales el estrés afecta el crecimiento muscular en peces se encuentran pobremente estudiados. Esto se debe principalmente a la falta de información genómica disponible de especies piscícolas. Considerando los antecedentes anteriormente descritos, en este trabajo proponemos como hipótesis que el efecto del estrés por manejo (Handling stress) induce cambios en la expresión global de genes asociados a crecimiento muscular de congrio colorado (G. chilensis) particularmente causando alteraciones en vías asociadas a atrofia muscular. Para verificar esta hipótesis, como primer objetivo se generó un transcriptoma de referencia secuenciado y anotado de G. chilensis mediante el uso de tecnologías de secuenciación masiva. Este comprende un total de 48.480 secuencias del cual un 44% presenta anotación funcional. Como segundo objetivo, se determinó la expresión diferencial de genes en músculo de G. chilensis bajo estrés. Para ello, se secuenciaron transcritos de G. chilensis sometidos a un protocolo de estrés por manejo para su posterior mapeo en el transcriptoma de referencia previamente generado. Un total de 1062 genes variaron su expresión bajo esta condición, dentro de los cuales se encuentran genes asociados a procesos catabólicos, traducción, diferenciación y proliferación celular. Finalmente, como tercer objetivo se validó la expresión diferencial obtenida in silico de ocho genes involucrados en crecimiento y diferenciación muscular por RT- gPCR. Los genes candidatos fueron: Factor de respuesta a daño de DNA (redd-1), Factor de unión a la proteína 4eiF4 (4ebp-1), foxo, atrogina-1 y subunidad 1 reguladora del proteosoma 26S (psdml), todos ellos involucrados en vías de atrofia muscular, junto con smad-2, myoDi y myoD2, los cuales están involucrados en procesos de diferenciación muscular. Todos los niveles de expresión obtenidos por RT-gPCR se correlacionan con los obtenidos por los análisis de RNAseq. Los resultados obtenidos en este trabajo demuestran que el estrés por manejo induce cambios en la expresión global de genes en músculo de G. chilensis, particularmente, encontrándose sobreexpresados genes claves que participan en vías de atrofia del músculo esquelético. Por último, el transcriptoma de referencia generado nos proporciona una fuente invaluable de información genómica de G. chilensis que puede ser utilizada para monitorear la expresión global de genes bajo diferentes condiciones de cultivo de esta importante especie de interés comercial.Ítem Estudio teórico-experimental de la contribución del oligosacárido central del Lipopolisacárido a la integridad de la membrana externa de Escherichia y Salmonella typhimurium(Universidad Andrés Bello, 2017) Alarcón Torres, Mackarenna Stefanie; Aguayo Villegas, Daniel Rodrigo; Facultad de Ciencias Biológicas.La capa de LPS de la ME de bacterias Gram negativo es afectada tanto por agentes liotrópicos como por factores termotrópicos que alteran su integridad y función. Por medio de Calorimetría Diferencial de Barrido (DSC) y simulación molecular, se estudió la contribución de los componentes del Oligosacárido central (OC) en la estabilidad e integridad de la ME y su relación con la resistencia a antibióticos. Para esto se caracterizó las temperaturas de transición de fase (Tm) de vesículas artificiales de LPS extraídos de las cepas AwaaF, AwaaQ, AwaaP y silvestre E. coli BW25113 y de S. typhimurium y sus mutantes OwaaL, Owaal, OwaaG. Los valores de Tm obtenidos y su relación con el quimiotipo de cada LPS indican que las modificaciones en el OC afectan tanto la Tm como el rango de transición de fase (RTm) de las vesículas, donde las cepas OwaaP, AwaaQ y silvestre de E. coli sufren los mayores cambios en su Tm y RTm. Mediante simulaciones de Dinámica Molecular se relacionaron los resultados obtenidos por DSC con la conformación adoptada a nivel atómico de bicapas formadas por LPS representativos de los quimiotipos OwaaP, AwaaQ y silvestre. En concordancia con los resultados de DSC, el análisis del parámetro de segundo orden de las cadenas aciles de cada LPS mostró cambios en la fase adoptada por estas bicapas, donde a 37 °C los LPS silvestre y AwaaQ se encontrarían en fase cristalina-liquida, mientras que el LPS OwaaP lo haría en fase lamelar. Además, el mayor valor de Tm del LPS OwaaP (47 °C) y la del LPS AwaaQ (23 °C) relacionan con la modificación de los ángulos de torsión de los enlaces glucosídicos del LPS, producto de los cambios conformacionales tanto a nivel de monómero como supramoleculares promovidos por la ausencia de residuos específicos a nivel del OC. Estos resultados permiten explicar el cambio en la permeabilidad de membrana frente a diferentes agentes, como también la susceptibilidad a distintos antibióticos, procesos a los que no solo contribuye el Lípido A, sino también son afectados por la composición del OC.Ítem Regulación temprana de la expresión de genes de la sinapsis en el hipocampo mediante la vía de señalización WNT/β-catenina(Universidad Andrés Bello, 2017) Andrade Fuentes, Víctor Manuel; De Ferrari Valenti, Giancarlo; Facultad de Ciencias Biológicas.; Escuela de Ingeniería en BiotecnologíaLa vía de señalización Wnt/β-catenina modula el desarrollo del cerebro y su función. Su desregulación ha sido asociada con distintas patologías neurodegenerativas y del neurodesarrollo. A nivel molecular, regula genes relacionados con la sinapsis, proliferación y diferenciación, entre otros. Debido a que uno de sus principales efectos es la modular genes blanco, nos planteamos la siguiente hipótesis: “La vía de señalización Wnt/β-catenina regula la expresión temprana de genes relacionados a la sinapsis en el hipocampo”. El objetivo de este trabajo consistió en examinar los cambios en el programa transcripcional global al inducir de forma temprana (4 h) cultivos primarios de neuronas hipocampales de rata con la proteína Wnt3a purificada. Los resultados obtenidos por RNASeq, permitió la identificación de 170 genes expresados diferencialmente, incluyendo blancos directos regulados por la vía de señalización como NOTUM, AXIN2 y LEF1. De igual forma el análisis permitió identificar nuevos candidatos como FAM84a, STK32a y ITGA9. Los principales procesos biológicos enriquecidos entre los genes expresados diferencialmente incluyó categorías ontológicas asociadas con precursores neuronales (GO:0061364, p-adjusted = 2.5x10-7), desarrollo del prosencéfalo (GO:0030900, p-adjusted = 7.3x10-7) y diferenciación de células madre (GO:0048863 p-adjusted = 7.3x10-7). Del mismo modo, la expresión de un número significativo de genes con actividad de factor transcripcional fue inducida (GO:0043565, p-adjusted = 4.1 x10-6). Junto a lo anterior se estudió las redes moleculares enriquecidas y se detectó 3 módulos sobre-expresados altamente significativos, los que se encuentran involucrados en procesos metabólicos de glicerolípidos (GO:0046486, p-adjusted = 4.5x10-19), aprendizaje y memoria (GO:0007611, p-adjusted = 4.0x10-5) y secreción de neurotransmisores (GO:0007269, p-adjusted = 5.3x10-12). Nuestros resultados sugieren que Wnt/β-catenina controla múltiples procesos biológicos relacionados con la estructura neuronal y su actividad, los cuales se ven afectados en distintos trastornos que presentan disfunción sináptica.