Examinando por Autor "Eyzaguirre, Jaime"
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Ítem Análisis proteómico de la expresión de enzimas que degradan lignocelulosa en el secretoma de Penicillium purpurogenum crecido en distintas fuentes de carbono(Universidad Andrés Bello, 2010) Navarrete Lagos, Mario Augusto; Eyzaguirre, Jaime; Facultad de Ciencias Biológicas; Doctorado en Biociencias MolecularesRESUMEN: Penicilliumpurpurogenum es un hongo capaz de crecer en fuentes de carbono provenientes de diversas fuentes vegetales, lo que refleja una gran capacidad de adaptación al medio. Por tratarse de sustratos insolubles y de variada composición, para degradarlos en forma eficiente el hongo debe adaptar su secreción de enzimas al medio extracelular (secretoma). En esta tesis se ha comparado el patrón de secreción proteico al crecer el hongo en fuentes de carbono complejas como coseta de remolacha, xilanoacetilado y pectina, como también en fuentes de carbono simples como glucosa y fructosa. Se ha usado un enfoque proteómico en condiciones desnaturantes y en condiciones no desnaturantes lo que nos entrega dos perspectivas diferentes. En condiciones desnaturantes hemos identificado proteínas como pectinasas, β-xilosidasas y manosidasas diferencialmente expresadas en fuentes de carbono complejas, las que no están presentes en las fuentes simples. En el enfoque no desnaturante se detectó en el secretoma de cultivos en las fuentes complejas (pero no en las simples) la presencia de proteínas de alto peso molecular cataliticamente activas. Estas estructuras corresponden a complejos multienzimáticos constituidos por una diversidad de enzimas con las actividades necesarias para degradar lignocelulosa. Penicillium purpurogenum, por lo tanto, posee mecanismos de regulación que involucran la expresión diferencial de enzimas, las que a su vez interactúan entre ellas, lo que es dependiente de la composición química del sustrato.Ítem Análisis y comparación de la producción de enzimas xilanolíticas de penicillium purpurogenum crecido en distintas fuentes de carbono bajo condiciones de fermentación en estado sólido y sumergido(Universidad Andrés Bello, 2010) Herrera Peña, Jonathan Víctor; Eyzaguirre, Jaime; Facultad de Ciencias Biológicas; Escuela de BioquímicaDiversos estudios sobre proteómica y secretómica de hongos revelan que existen diferencias a nivel de actividad enzimática y variabilidad de isoenzimas producidas cuando el hongo es crecido en distintas fuentes de carbono. Además, se han reportado este tipo de diferencias cuando el hongo es cultivado sobre una misma fuente de carbono pero variando el método de cultivo, ya sea en estado sólido o sumergido. En este trabajo, utilizando el hongo lignocelulolítico Penicillium purpurogenum, se establecieron claras diferencias en la secreción de varias enzimas al cultivarlo en un medio sólido o líquido, utilizando diversas fuentes de carbono. Entre los resultados obtenidos se encontró que la actividad específica de -xilosidasa es superior en el cultivo sólido de paja de trigo que la observada en el cultivo líquido, por otra parte en el cultivo usando coseta de remolacha, el cultivo líquido muestra una actividad específica superior al cultivo sólido, esta observación se repite al analizar la actividad específica de -glucosidasa, -galactosidasa y arabinopiranosidasa. Sin embargo al analizar la actividad acetil esterásica se observa que los cultivos líquidos presentan una mayor actividad específica que los cultivos sólidos utilizando varias fuentes de carbono. En un plano genera], se encontró que las fuentes de carbono naturales como la paja de trigo y la coseta de remolacha actúan como fuertes inductores de actividad lignocelulolítica. Por otra parte, se encontró que el hongo secreta 3 posibles isoenzimas de arabinofuranosidasas en el cultivo sólido de salvado de trigo y solamente 2 posibles isoenzimas en el cultivo líquido, 1 isoenzima en el cultivo sólido usando coseta de remolacha y 3 posibles isoenzimas en el cultivo líquido. Además fue posible reafirmar la presencia de complejos multienzimáticos previamente descritos en nuestro laboratorio mediante técnicas de zimogramas. Al analizar el patrón de expresión de proteínas mediante geles unilbidimensionales se encontró que el patrón es diferente cuando se utilizan las condiciones de cultivo sólido y líquido utilizando las fuentes de carbono paja de arroz y salvado de trigo, Aunque al utilizar coseta de remolacha existe un patrón similar en condiciones de cultivo sólido y líquido. Mediante espectrometría de masas fue posible identificar numerosas proteínas en los sobrenadantes de cultivo de paja de arroz, de trigo y coseta de remolacha, destacando la presencia de numerosas proteasas en el sobrenadante de cultivo liquido de salvado de trigo. Éstas y otras diferencias encontradas indican que el hongo Penicillium purpurogenum secreta diferencialmente enzimas al medio de cultivo de acuerdo a la fuente de carbono y metodología de cultivo empleada y que la presencia o ausencia de agua libre en el medio extracelular es un factor determinante en la regulación de la expresión de enzimas xilanolíticas.Ítem The acetyl xylan esterase II gene from Penicillium purpurogenum is differentially expressed in several carbon sources, and tightly regulated by pH(Sociedad de Biología de Chile, 2004) Chávez, Renato; Schachter, Karen; Navarro, Claudio; Peirano, Alessandra; Bull, Paulina; Eyzaguirre, JaimeThe expression of the acetyl xylan esterase II (axeII) gene from Penicillium purpurogenum is repressed by glucose and induced by xylan, as well as to a small degree by xylose and xylitol. This gene is expressed at neutral pH, but not under alkaline or acidic conditions, in agreement with previous findings for other xylanolytic genes of this organism. This is the first report showing pH regulation of an axe gene.Ítem The genome sequence of the soft-rot fungus Penicillium purpurogenum reveals a high gene dosage for lignocellulolytic enzymes(Taylor and Francis Ltd., 2018-01) Mardones, Wladimir; Di Genova, Alex; Cortés, María Paz; Travisany, Dante; Maass, Alejandro; Eyzaguirre, JaimeThe high lignocellulolytic activity displayed by the soft-rot fungus Penicillium purpurogenum has made it a target for the study of novel lignocellulolytic enzymes. We have obtained a reference genome of 36.2 Mb of non-redundant sequence (11,057 protein-coding genes). The 49 largest scaffolds cover 90% of the assembly, and Core Eukaryotic Genes Mapping Approach (CEGMA) analysis reveals that our assembly captures almost all protein-coding genes. RNA-seq was performed and 93.1% of the reads aligned to the assembled genome. These data, plus the independent sequencing of a set of genes of lignocellulose-degrading enzymes, validate the quality of the genome sequence. P. purpurogenum shows a higher number of proteins with CAZy motifs, transcription factors and transporters as compared to other sequenced Penicillia. These results demonstrate the great potential for lignocellulolytic activity of this fungus and the possible use of its enzymes in related industrial applications. © 2018 The Author(s). Published by Informa UK Limited, trading as Taylor & Francis Group.