Fac.CV - Trabajos de Titulación Post-Grado

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    Análisis transcriptómico de hígado de Cyprinus carpio en el proceso de aclimatización estacional
    (Universidad Andrés Bello, 2017) Ramos Tapia, Ignacio Antonio; Alvarez Santana, Marco; Facultad de Ciencias Biológicas; Escuela de Ingeniería en Biotecnología
    Las respuestas de los organismos a las fluctuaciones ambientales son complejas e involucran múltiples factores, lo cual ha complejizado comprender en su totalidad este fenómeno. Es sabido que esta respuesta no es al azar y que se sustenta en una delicada reprogramación a nivel transcripcional, modelando así una respuesta individual adecuada para cada individuo. Por esta razón, y para visualizar de manera global los cambios transcripcionales concomitantes al proceso de aclimatización estacional del pez Cyprinus carpio (carpa común), en este trabajo hemos evaluado la reprogramación génica de la carpa a los cambios ambientales mediante análisis de RNA-Seq. En este trabajo, hemos obtenido información transcriptómica de hígado de carpas aclimatizadas usando secuenciación masiva Illumina MiSeq. Se han obtenido 38.012.838 y 34.620.343 lecturas de verano e invierno, respectivamente. Luego del control de calidad las lecturas fueron ensambladas de novo usando el software Trinity, obteniendo un transcriptoma de 239.155 contigs con un N50=1516 pb. Luego de usar la herramienta Blastx con la base de datos de Danio rerio (Uniport) se obtuvieron 79.629 genes los cuales fueron anotados funcionalmente mediante el consorcio de GO (Gene Ontology) según Proceso Biológico (BP), Función Molecular (MF) y Componente Celular (CC). Además, hemos comprobado el análisis bioinformático mediante el uso de RT-qPCR a genes relevantes expresados diferencialmente como APOA1, Prostaglandina D2, RPL4, Vitelogenina y WAP65 obteniendo correlación entre los resultados de RNA-Seq y expresión relativa por PCR cuantitativo. A partir de la base de datos generada, se revelaron diferentes mecanismos moleculares involucrados en el proceso de aclimatización de la carpa común. Nuestros análisis demostraron que vías metabólicas tales como glucólisis/gluconeogénesis, metabolismo de lípidos, sistema inmune, hipoxia, entre otras, fueron diferencialmente reguladas durante el proceso de aclimatización estacional, poniendo en evidencia la complejidad de los mecanismos de respuesta del organismo de la carpa para enfrentar los cambios medioambientales a los que se encuentra expuesto durante un ciclo estacional.